سلول باکتری دارای ساختمان ساده و ابتدایی بوده و به نام سلول پروکاریوت (Prokaryotic ) نامیده می شود. به این ترتیب باکتری در سلسله ی مستقل پروکاریوت ها یا سلسله ی مونرا (Monera ) جای گرفت.
طبقه بندی سلسله باکتری ها
پروکاریوت شامل دوگروه :
.1باکتری های حقیقی یا یوباکترها (Eubacteria): در برگیرنده ی همان باکتری های معمولی .2آرکئوباکتری ها:(Archaebacteria) به نام باکتری های باستانی نیز نامیده می شوند، که در شرایط محیطی ویژه مانند دمای بالا، غلظت بالای نمک یا PH پایین می توانند زندگی می کنند.سلسله باکتری ها برمبنای مشخصات دیواره ی سلولی به 1چهار شاخه ی زیر تقسیم می شوند :
1- شاخه گراسیلیکوتس Grasilicutes ) ):باکتری های حقیقی دارای دیواره سلولی و از نوع گرم منفی.
2-شاخه فیرمی کوتس Firmicutes )): باکتری های حقیقی دارای دیواره ی سلولی از نوع گرم مثبت هستند، که به دو رده ی زیر تقسیم می شوند:
1- فیرمی باکتری ها Firmibacteria)): باکتری های گرم مثبت ساده هستند که اسپوردار و یا بدون اسپوراست .
2- تالوباکتری ها Thallobacteria) ): باکتری های گرم مثبت شاخه ای شکل (آکتینومیست ها) است.
3- شاخه تنریکوتس Tenericutes ))
این شاخه شامل باکتری های حقیقی فاقد دیواره ی سلولی است.دراین شاخه فقط رده ی مولیکوتس وجود دارد. رده ی مولیکوتس شامل انواع متنوعی ازمایکوپلاسماها است.
4- شاخه مندوزیکوتس Mendosicutes ))
شامل پروکاریوت هایی اند که دارای دیواره ی سلولی فاقد پپتیدوگلیکان هستند در این شاخه فقط رده آرکئوباکتری ها جای دارند.